"Журнал технической физики"
Издателям
Вышедшие номера
Анализ капиллярно-электрофоретических систем секвенирования ДНК
Степухович А.1, Цуприк А.1, Кособокова О.1, Гаврилов Д.1, Горбовицкий Б.1, Гудков Г.1, Тышко Г.1, Черевишник М.1, Горфинкель В.1
1Университет штата Нью-Йорк, Кафедра электроники и компьютерной техники, Стони Брук, США
Email: stepukhovich@mail.ru
Поступила в редакцию: 5 июня 2007 г.
Выставление онлайн: 20 мая 2008 г.

Предложен метод характеризации и оптимизации систем секвенирования ДНК, основанных на капиллярном электрофорезе. Разработана модель, учитывающая взаимосвязь между длиной прочтения нуклеотидной последовательности и такими параметрами секвенирующих систем, как свойства разделяющей среды, длина капилляра, время инжекции, концентрация инжектированного образца ДНК, чувствительность детектирования, системный шум и мощность лазерного излучения. Оптимизация ДНК секвенирующих систем позволит определять наилучшие режимы пробоподготовки, инжекции и разделения, позволяющие прочитывать последовтельности требуемой длины. Предложенный метод применен для характеристики капиллярно-электрофоретических секвенирующих систем, использующих метод детектирования одиночных фотонов. PACS: 82.45.Wx
  • Tillib S.V., Mirzabekov A.D. // Current Opinion in Biotechnology. 2001. Vol. 12. P. 53
  • Shendure J., Mitra R.D., Varma C., Church G.M. // Nat. Rev. Genet. 2004. Vol. 5. P. 335
  • Sanger F., Nicklen S., Coulson A.R. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1997. Vol. 74. P. 5463
  • Lagally E.T., Emrich C.A., Mathies R.A. // Lab Chip. 2001. Vol. 1. P. 102
  • Koutny L., Schmalzing D., Salas-Solano O., El Difrawy S., Adourian A., Buonocore S., Abbey K., McEwan P., Matsudaira P., Ehrlich D. // Anal. Chem. 2000. Vol. 72. P. 3388
  • Khrapko K.R., Lysov Y., Khorlyn A.A., Shick V.V., Florentiev V.L., Mirzabekov A.D. // FEBS Lett. 1989. Vol. 256. P. 118
  • Lipshutz R.J., Morris D., Chee M., Hubbell E., Kozal M.J., Shah N., Shen N., Yang R., Fodor S.P.A. // Biotechniques. 1995. Vol. 19. P. 442
  • Drmanac S., Kita D., Labat I., Hauser B., Schmidt C., Burczak J.D., Drmanac R. // Nature Biotechnology. 1998. Vol. 16. P. 54
  • Patil N., Berno A.J., Hinds D.A., Barrett W.A., Doshi J.M., Hacker C.R., Kautzer C.R., Lee D.H., Marjoribanks C., McDonough D.P., Nguyen B.T., Norris M.C., Sheehan J.B., Shen N., Stern D., Stolowski R.P., Thomas D.J., Trulson M.O., Vyas K.R., Frazer K.A., Fodor S.P., Cox D.R. // Science. 2001. Vol. 294. P. 1719
  • Ronaghi M., Karamohamed S., Pettersson B., Uhlen M., Nyren P. // Anal. Biochem. 1996. Vol. 242. P. 84
  • Mitra R.D., Church G.M. // Nucleic Acids Res. 1999. Vol. 27. P. 34
  • Westin L., Xu X., Miller C., Wang L., Edman C.F., Nerenberg M. // Nat. Biotechnol. 2000. Vol. 18. P. 199
  • Ronaghi M. // Genome Research. 2001. Vol. 11. P. 3
  • Pourmand N., Elahi E., Davis R.W., Ronaghi M. // Nucleic Acids Research. 2002. Vol. 30. P. 31
  • Mitra R.D., Shendure J., Olejnik J., Edyta K.O., Church G.M. // Anal. Biochem. 2003. Vol. 320. P. 55
  • Dressman D., Yan H., Traverso G., Kinzler K.W., Vogelstein B. // Proc. National Academy of Sci. 2003. Vol. 100. P. 8817
  • Leamon J.H., Lee W.L., Tartaro K.R., Lanza J.R., Sarkis G.J., de Winter A.D., Berka J., Lohman K.L. // Electrophoresis. 2003. Vol. 24. P. 3769
  • Kartalov E.P., Quake S.R. // Nucleic Acids Research. 2004. Vol. 32. P. 2873
  • Korlach J., Levene M., Turner S.W., Larson D.R., Foquet M., Craighead H.G., Webb W.W. // Biophys. J. 2001. Vol. 80. P. 147A
  • Levene M.J., Korlach J., Turner S.W., Foquet M., Craighead H.G., Webb W.W. // Science. 2003. Vol. 299. P. 682
  • Braslavsky I., Hebert B., Kartalov E., Quake S.R. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2003. Vol. 100. P. 3960
  • Meller A., Nivon L., Brandin E., Golovchenko J., Branton D. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2000. Vol. 97. P. 1079
  • Deamer D.W., Akeson M. // Trends in Biotechnology. 2000. Vol. 18. P. 147
  • Winters-Hilt S., Vercoutere W., DeGurman V.S., Deamer D., Akeson M., Haussler D. // Biophys. J. 2003. Vol. 84. P. 967
  • Luckey J.A., Norris T.B., Smith L.M. // J. Phys. Chem. 1993. Vol. 97. P. 3067
  • Heller C. // Electrophoresis. 2000. Vol. 21. P. 593
  • Ewing B., Hillier L., Wendl M., Green P. // Genome Research. 1998. Vol. 8. P. 175
  • Ewing B., Green P. // Genome Research. 1998. Vol. 8. P. 186
  • Alaverdian L., Alaverdian S., Bilenko O., Bogdanov I., Filippova E., Gavrilov D., Gorbovitski B., Gouzman M., Gudkov G., Domratchev S., Kosobokova O., Lifshitz N., Luryi S., Rushovoloshin V., Stepoukhovitch A., Tcherevishnick M., Tyshko G., Gorfinkel V. // Electrophoresis. 2002. Vol. 23. P. 2804
  • Gavrilov D.N., Gorbovitski B., Gouzman M., Gudkov G., Stepoukhovitch A., Ruskovoloshin V., Tsuprik A., Tyshko G., Bilenko O., Kosobokova O., Luryi S., Gorfinkel V. // Electrophoresis. 2003. Vol. 24. P. 1184
  • Heller C. // Electrophoresis. 1999. Vol. 20. P. 1962
  • Cussler E.L. // Diffusion: Mass Transfer in Fluid Systems. Cambridge: Cambridge University Press, 1984
  • Подсчитывается количество просмотров абстрактов ("html" на диаграммах) и полных версий статей ("pdf"). Просмотры с одинаковых IP-адресов засчитываются, если происходят с интервалом не менее 2-х часов.

    Дата начала обработки статистических данных - 27 января 2016 г.